cz en
GeneProof PCR soupravy byly vyvinuty ve dvou variantách umožňující kontrolu správnosti provedení a průběhu celého procesu zpracování vzorku.
Soupravy označované jako ISEX umožňují kontrolu jak účinnosti izolace nukleových kyselin, tak i průběhu PCR reakce, tedy celého diagnostického procesu. Princip kontroly se liší podle detekované DNA nebo RNA.
Soupravy označované jako ISIN umožňují kontrolu průběhu pouze PCR reakce (inhibice PCR). Tato varianta je k dispozici pro detekci DNA.

ISEX

Detekce DNA

ISEX verze GeneProof PCR souprav obsahují Interní Standard jako samostatnou součást. Interní standard je umělý DNA konstrukt připravený metodami genového inženýrství. Interní standard se přidává ke vzorku před započetím DNA extrakce a jeho detekce v kanálu detekujícího HEX fluorofor poukazuje na:

  • Účinnou extrakci DNA - detekce tohoto konstruktu poukazuje, že společně s Interním Standardem byla úspěšně izolována i další DNA, tedy i DNA detekovaného mikroorganismu. Použití Interního standardu tedy kontroluje falešně negativní výsledky z důvodu neúčinné izolace DNA.
  • Správný průběh PCR amplifikace - detekce tohoto konstruktu poukazuje na správný průběh PCR reakce a kontrolu případné inhibice PCR amplifikace. Interní Standard je amplifikován ze stejných primerů jako detekovaný mikroorganismus (kompetitivní PCR), tudíž efektivita amplifikace obou molekul je podobná a to umožňuje mnohem účinnější kontrolu inhibice ve srovnání s duplexními systémy používanými jinými výrobci.

Detekce RNA

V případě detekce RNA virů je využito přirozené přítomnosti mRNA lidského genu kódujícího GAPDH v séru a plasmě. Detekce této mRNA v kanálu detekujícího HEX fluorofor znamená:

  • Dobrou kvalitu vzorku - mRNA je fragilní molekula a v případě nedodržení doporučených transportních a skladovacích podmínek dochází k její rychlé degradaci, což naznačuje na riziko degradace i virové RNA obsažené ve vzorku. Detekce této mRNA ve vzorku tedy poukazuje na dodržení skladovacích a transportních podmínek a kontroluje falešně negativní výsledky z důvodu degradace vzorku.
  • Kontrolu účinnosti extrakce RNA - pozitivní výsledek na přítomnost mRNA GAPDH poukazuje na účinnou extrakci RNA. Kontroluje tedy falešně negativní výsledky z důvodu neúčinné izolace RNA.
  • Kontrola účinnosti reversně-transkripční PCR - pozitivní výsledek na přítomnost mRNA GAPDH poukazuje na správný přepis z RNA do DNA a správný průběh následné polymerázové řetězové reakce (PCR) kontroluje tedy falešně negativní výsledky z důvodu neúčinné reversně-transkripční PCR anebo inhibice PCR reakce.

ISIN

Detekce DNA

ISIN verze GeneProof PCR souprav obsahují Interní Standard jako součást MasterMixu. Interní standard je umělý DNA konstrukt připravený metodami genového inženýrství a jeho detekce v kanálu detekujícího HEX fluorofor poukazuje na správný průběh PCR amplifikace. Interní Standard je amplifikován ze stejných primerů jako detekovaný mikroorganismus (kompetitivní PCR), tudíž efektivita amplifikace obou molekul je podobná a to umožňuje mnohem účinnější kontrolu inhibice ve srovnání s duplexními systémy používanými jinými výrobci.